il messapico non appartiene alla famiglia delle lingue italiche (latino, osco, sabellico, ecc.), le quali presentano fra loro forti analogie di lemmi e sintassi. Ciò ha aiutato in misura decisiva gli studiosi  nella decifrazione delle diverse lingue parlate dalle popolazioni italiche. Il messapico, invece, come si afferma da più parti, è di origine illirica, cioè appartiene allo stesso ceppo delle lingue parlate un tempo nelle regioni oggi facenti parte dell'Albania. Anche l'antico illirico, purtroppo, è sostanzialmente sconosciuto; da qui una notevolissima difficoltà di fondo ad abbozzare ipotesi di comprensione dei fonemi messapici che ci sono pervenuti, non potendoli confrontare in alcun modo con altri linguaggi coevi. Fra i ritrovamenti archeologici mancano inoltre dei testi bilingue ( a differenza di quanto è accaduto per l'etrusco, con le cosiddette lamine di Pyrgi, o per i geroglifici egiziani con la stele di Rosetta) che possano gettare almeno un fascio di luce nell'oscurità quasi assoluta in cui brancolano gli studiosi del messapico. 

Salvo rarissime eccezioni, non ci sono pervenute iscrizioni messapiche di lunghezza significativa, tali da poter almeno confrontare -come è accaduto ad esempio per l'etrusco- diversi testi in messapico ed isolarne con ragionevole certezza fonemi ed elementi sintattici. La stragrande maggioranza dei documenti epigrafici in nostro possesso, infatti, è costituita da iscrizioni scolpite all'interno di sepolcri, che indicano esclusivamente il nome e la paternità del defunto. Troppo poco per ricostruire una lingua.

Una difficoltà ulteriore è costituita data dal fatto che il messapico -come peraltro accade in tutte le lingue- non rimase immutato in tutto l'arco della sua esistenza, ma subì modifiche consistenti col passare dei secoli ed ad un certo punto si grecizzò notevolmente. Inoltre le iscrizioni, secondo una prassi costante in età arcaica anche le altre popolazioni,  sono in scriptio continua, cioè sono scritte di continuo, senza interruzioni tra le parole, e questo contribuisce non poco ad ingarbugliare la matassa, dovendosi partire addirittura, prima ancora dell'interpretazione dei fonemi, a capire di quali lettere sia composta ogni parola.

Manca oggi una raccolta critica, completa ed aggiornata di tutte le iscrizioni messapiche rinvenute, che da un lato le riproduca senza errori e dall'altro ne evidenzi gli elementi stilistici. Una raccolta di tal genere è indispensabile alla studioso, in primo luogo per tentare una datazione della singola epigrafe (cosa che, peraltro, si può ricavare sulla base dell'esame del corredo funerario, ove presente), in modo da poterla confrontare con le iscrizioni coeve. La raccolta dovrebbe indicare, in secondo luogo, per ciascuna epigrafe sepolcrale, anche l'attribuzione ad una persona di sesso maschile o femminile, adulta o meno, di estrazione sociale elevata o inferiore, ecc.. Tali elementi non sono certo indifferenti, quando si tratti di intepretare il significato di un'iscrizione dedicata al defunto, dibattendosi in tutte le difficoltà suindicate.